试，测试的机师是原本二号机的机师明日香成为了新EVA的测试机师，一次原本应该只是形式上的测试流程，却忽然之间变成了另一次危机的开始。 新的EVA因为使徒的感染成为了进攻第三新东京市核心的新使徒，并且还是在NERV自己带进了地下空间当中，新的EVA彻底失控，碇源渡所做的一切准备全部失效，而且处于使徒之中的明日香状况不明。 与此同时，重新汇合在一起没有多久的胜利舰队，就接到了来自于NERV的紧急救助通讯，碇源渡黑着脸发过来的通讯。
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